Các ngọn núi trong sơn hệ Hindu Kush giảm dần độ cao khi kéo về hướng tây. Ở đoạn giữa, gần Kabul, các núi này cao tới 4.500 - 6.000 m; nhưng ở phía tây chúng chỉ cao tới 3.500 - 4.000 m. Cao độ trung bình của sơn hệ Hindu Kush là khoảng 4.500 m. Sơn hệ Hindu Kush kéo dài khoảng 966 km còn bề rộng trung bình theo hướng bắc nam là khoảng 240 km. Chỉ khoảng 600 km của sơn hệ Hindu Kush được gọi là dãy núi Hindu Kush. Phần còn lại của sơn hệ này chứa nhiều dãy núi nhỏ, bao gồm Koh-e Baba, Salang, Koh-e Paghman, Spin Ghar (còn gọi là Đông Safid Koh), dãy núi Suleiman, Siah Koh, Koh-e Khwaja Mohammad và Selseleh-e Band-e Turkestan. Các dãy núi nhỏ như Tây Safid Koh, Malmand, Chalap Dalan, Siah Band và Doshakh được các học giả phương Tây nói tới như là Paropamisadae (Paropamisus), mặc dù tên gọi này đã dần dần không còn được sử dụng nữa trong vài thập niên gần đây.

Các con sông chảy ra từ sơn hệ này bao gồm sông Helmand, sông Hari và sông Kabul, lưu vực cho lòng chảo Sistan.

Một loạt các đèo cao ("kotal") cắt ngang qua dãy núi, tạo thành một mạng lưới quan trọng chiến lược cho sự quá cảnh của những đoàn lữ hành. Các đèo quan trọng nhất có Kotal-e Salang (3.878 m); nó nối Kabul và các điểm ở miền nam với miền bắc Afghanistan. Sự hoàn thành một đoạn đường hầm trong đèo này năm 1964 đã giảm thời gian qua lại giữa Kabul và phía bắc. Sự qua lại trước đây về phía bắc thông qua đèo Kotal-e Shibar (3.260 m) mất khoảng 72 giờ (3 ngày). Đường hầm Salang cao và rộng 7 m (23 ft) tại cao độ 3.363 m (11.033 ft) và mạng lưới rộng các đường hầm ngắn trên các con đường lại gần nó đã được Liên Xô cung cấp tài chính và hỗ trợ kỹ thuật. Đường hầm này dài 2,6 km (1,62 dặm Anh) xuyên qua phần trung tâm của dãy núi Hindu Kush. Thời gian qua lại từ phía bắc xuống phía nam Afganistan đã giảm xuống chỉ còn 10 giờ, tiết kiệm khoảng 300 km quãng đường cần đi.

Trước khi đường Salang được xây dựng, các đèo nổi tiếng nhất trong nhận thức lịch sử phương Tây về Afghanistan là các đèo dẫn tới tiểu lục địa Ấn Độ. Chúng bao gồm đèo Khyber (1.070 m/3.510 ft) nối với Pakistan và đèo Kotal-e Lataband (2.499 m/8.199 ft) ở phía đông Kabul, đã bị bỏ hoang kể từ năm 1960 do việc xây dựng con đường trong phạm vi hẻm núi thuộc dạng hùng vĩ và ngoạn mục nhất trên sông Kabul là Tang-e Gharu. Việc xây dựng cơ sở hạ tầng này đã giảm thời gian đi lại giữa Kabul và vùng biên giới Pakistan từ 2 ngày xuống vài giờ.

Các con đường đi qua các đèo Salang và Tang-e Gharu đóng vai trò chiến lược quan trọng trong sự xâm lược của Hoa Kỳ tại Afghanistan và được các lực lượng cơ giới quân sự hạng nặng sử dụng với cường độ cao. Hậu quả là chúng đã ở trong tình trạng rất tồi tệ. Nhiều cầu bị đánh bom đã được sửa chữa, nhưng hàng loạt các công trình xây dựng lớn khác vẫn ở tình trạng đổ nát. Các cuộc đóng cửa có tính chu kỳ do các xung đột quân sự trong khu vực đã ảnh hưởng nghiêm trọng tới kinh tế và sự phát triển chung của nhiều khu vực cận kề mà đối với chúng thì đây là lộ trình chính trong giao thông, thương mại, cung cấp viện trợ khẩn cấp và hỗ trợ tái thiết.

Còn một loạt các đèo quan trọng khác tại Afghanistan. Đèo Wakhjir (4.923 m/16.152 ft) nối hành lang Wakhan tới Tân Cương, Trung Quốc và với Địa khu Bắc Bộ của Pakistan. Các đèo nối Afghanistan với Chitral, Pakistan, như Baroghil (3.798 m/12.460 ft) và Kachin (5.639 m/18.501 ft), cũng nối với Wakhan. Các đèo quan trọng khác xa hơn về phía tây có đèo Shotorgardan (3.720 m/12.205 ft) nối các tỉnh Logar và Paktiya; đèo Bazarak (2.713 m/8.901 ft) dẫn tới Mazari Sharif; đèo Khawak (4.370 m/14.337 ft) trong thung lũng Panjsher và đèo Anjuman (3.858 m/12.657 ft) tại đầu thung lũng Panjsher là lối vào phía bắc. Các đèo Hajigak (2.713 m/8.901 ft) và Unai (3.350 m/10.991 ft) dẫn tới miền đông Hazarajat và thung lũng Bamyan. Các đèo của Paropamisus ở phía tây là tương đối thấp, trung bình cao khoảng 600 m; đáng chú ý nhất trong số này có đèo Sabzak nằm giữa các tỉnh Herat và Badghis, nối liền các phần phía tây và tây bắc của Afghanistan.

Các khu vực miền núi này chủ yếu là cằn cỗi, hay chỉ thưa thớt các loại cây gỗ và cây bụi cằn cỗi. Các mỏ khai thác đá xanh da trời (lapis lazuli) nằm trong thung lũng Kowkcheh, trong khi các mỏ khai thác đá lục bảo cấp bậc ngọc nằm ở phía bắc Kabul trong thung lũng sông Panjsher và một số chi lưu của nó. Loại 'ngọc balas đỏ' nổi tiếng (khoáng vật spinen) được khai thác cho tới tận thế kỷ 19 trong thung lũng Ab-e Panj hay thượng nguồn sông Amu Darya, được coi là nơi gặp nhau của hai dãy Hindu Kush và Pamir. Các mỏ này hiện nay đã cạn kiệt.

Đông Hindu Kush

Dãy núi Đông Hindu Kush, còn được biết đến như là dãy núi Hindu Kush Cao, chủ yếu nằm ở phía bắc Pakistan cũng như các tỉnh Nuristan và Badakhshan của Afghanistan. Huyện Chitral của Pakistan là nơi có các đỉnh núi cao như Tirich Mir, Noshaq, Istoro Nal, các đỉnh núi cao nhất trong dãy núi Hindu Kush. Dãy núi này cũng trải dài tới Ghizar, thung lũng Yasin và Ishkoman trong Địa khu Bắc Bộ của Pakistan.

Chitral được coi là tháp nhọn của khu vực Hindu Kush. Các đỉnh núi cao nhất, cũng như vô số các đèo và sông băng lớn đều nằm trong khu vực này. Các sông băng Chiantar, Kurambar, Terich là các sông băng lớn nhất trong dãy Hindu Kush và nước tan chảy ra từ chúng hợp thành sông Kunar, con sông này cuối cùng chảy theo hướng nam vào Afghanistan để kết hợp với các sông Bashgal, Panjsher và sông Kabul.